万历十四年（公元１５８６年）二月，又升海瑞为南京都察院御史。海瑞自到南京上任后，秉正持正，整顿吏治，兴利除弊，深受南京人民的爱戴。有史料载：“南都（南京）人途传巷涌，一时遍在人口也。自大僚至丞郎，无不凛凛奉法。无以片纸取市中物者，其市物必以价，无敢剧饮为大宴乐。雨花、牛首，燕矶诸处，官舫游屐顿绝。”

　　万历十五年（公元１５８７年）农历十月十四，海瑞病逝于任上，年７４岁，临终时无妻儿在侧，未留一语。广东同乡都御史王用汲等人在整理海瑞遗物时，“检点其宦囊，竹笼中俸金八两，葛布一端，旧衣服数件而已”。比寒士还不如，王用汲放声大哭。见此情景，广东同乡朝中同僚纷纷解囊相助。才凑足了海瑞丧葬的费用。

　　海瑞逝世的消息披露后，南京、苏州等也老百姓奔走相告，如丧考妣，自动歇市七日，以未哀悼，并“家家绘像祭之”。万历皇帝轰朝一日以未悼念，诏令祭葬，赠太子少保，谥忠介。二十二日，都御史王用汲率同僚公癸。二十六日，南京吏部尚书姜宝，都御史王用汲，大理寺丞周希旦奠祭。二十八日，南京尚书，侍郎公卿公祭。自从以后，南京、北京两地公卿尚侍诸官吊丧者，每日不下百人。朝廷谕江浙等地建造海瑞专祠，春秋祭祀。朝廷派遣行人司行人海南老乡许子伟护灵回琼安葬。史料称：“海忠介公丧出江上，白衣冠送者夹岸，酹而哭者百里不绝。”

　　由此可见，海瑞是深得民心的，他的“不怕死，不爱钱，不立党，摧豪强，扶穷弱”为官之道，在封建王朝是非常难得的。他上敢骂皇帝“君道不正”，下敢严惩官吏“饿豺狼”，这在专制独裁时代，是无法令人想象的。

　　上书骂皇帝  前无古人后无来者

　　 世人都知道海瑞是个耿直之臣，对他冒死上书骂皇帝大多是一知半解。为什么海瑞要骂皇帝，又说了些什么？现且听笔者一一道来。

　　嘉靖皇帝晚年年老多病，且在位日久，临朝听政日益减少，数月不上朝，深居西苑，一心设道场祈祷神佛。保佑自己长命百岁。皇帝不上朝听政，朝廷大事，边关奏报都一时无人决断，政局混乱。皇帝不上朝，本来就不对了，而一些朝中大臣而对嘉靖皇帝设坛祈福争献贺表，大言吉祥征兆，掌礼仪的官员也不时上表祝贺。大臣杨最、杨爵因抗硫直谏获罪后，朝中大臣再没有人敢于议论当朝政事了。海瑞看在眼里，急在心头，嘉靖四十五年（公元１５６６年）二月，海瑞上疏“为直言天下第一事”的《治安疏》，指责嘉靖皇帝尸位素餐，日事玄修，不理朝政，妄求长生不死，以至于吏贪官横，役重税繁，民不聊生，暴动四起，“盖天下之人不直陛下久矣”，骂皇帝不称职。

　　嘉靖皇帝看到海瑞奏章，气得七孔生烟，把海瑞奏折摔在地上，对左右侍臣说：“赶快捉拿海瑞，别让他跑了”。宦官黄锦素闻海瑞为人，在旁答道：这个人素常有无知狂乱的名声，听说他上疏时，自己知道冒犯皇上安当死罪，就买了一口棺材，遣散家人，诀别妻子，等待朝廷问罪，现在家中只有他一人，看来他是不会逃走的。

　　嘉靖皇帝见此说，沉默不语，又取过海瑞奏折再阅，一天三阅，嘉庆被感动得长叹，因而将海瑞奏章留下，数月之久都不作批示。嘉靖对左右近卧说：“海瑞这个人可与殷纣王时比干相比拟，但朕不是殷纣王罢了。”嘉靖皇帝召宰相徐阶商议内禅帝位时说：“海瑞所说之言，都是正确的。朕如今病得久了，哪里能临朝听政。”又说：“朕没有谨慎珍惜，才招致如此疾病窘困境地。倘若朕从西苑别官出去，返回大内，不等于接受了此人的辱骂吗？”于是在数月之后，在海瑞奏章上朱批“置主毁君”，以大不敬之罪将海瑞投入锦衣卫治罪，